داستان «تاریکی بی‌انتها» در سال ۲۰۰۶ رخ می‌دهد، مابین اتفاقات بین دو بازی «رزیدنت ایول ۴» و «رزیدنت ایول ۵». سیستم‌های کاخ سفید به شکل مرموزی هک می‌شوند. لیان اس. کندی که همین تازگی‌ها دختر رئیس جمهور را از اروپا نجات داده و یک قهرمان ملی است، مامور رسیدگی به این پرونده می‌شود. از آن سو کلر ردفیلد هم به عنوان یک خبرنگار مستقل مشغول تحقیق و جستجو درباره جنگ داخلی کشوری خیالی به نام پنامستان است. کم‌کم معلوم می‌شود این دو ماجرا ارتباط‌هایی با هم دارند.