در Skull and Bones شما تبدیل به یک کاپیتان دزدان دریایی می‌شوید و کشتی‌های متعددی را در اختیار خواهید داشت. در این بازی می‌توانید تجارت کنید یا به کشتی‌های تجاری حمله کرده و از این طریق منابع مختلف را برای شخصی‌سازی ناوگان خود بدست آورید. انواع مختلفی از سلاح‌ها برای هر کشتی وجود دارد و انتخاب مهمات مناسب، کلید پیروزی است.