در این نسخه، بایونتا باید از جهان در برابر تهاجم ناگهانی سلاح‌های زیستی ساخت بشر با نام Homunculi محافظت کند. در سرتاسر این مجموعه، او از جنگیدن برای خودش به سمت جنگیدن برای دیگران و برای جهان حرکت کرده است و اکنون، باید با کسانی که با او بر تاریخ گذشته‌ی خود غلبه کرده‌اند، نظیر روزنامه‌نگاری با نام لوکا و دیگر جادوگر همراه او یعنی جین، متحد شود. از طرفی جادوگر در حال آموزشی به نام ویولا نیز به این مسیر می‌پیوندد. به طور کلی در بایونتا ۳ یک ماجراجویی سرگرم‌کننده و پر از جهانگردی در انتظار بازیکنان خواهد بود.