در بازی Ninja Village تاریخ ژاپنی را با رزمندگان نهایت جنگجو یعنی نینجا ها دوباره بنویسید ! حال shogun از قدرت افتاده است و در این هرج و مرج به این سرزمین ها تجاوز شده است . اما در این میان shogun آستین هایش را بالا زده است . به عنوان رئیس قبله نینجا ها باید با اعتماد به پیروان خود به اتحاد قدرتمند ژاپن کمک کنید و دست متجاوزان را از سرزمین های خود قطع کنید . به عنوان رهبر نترس و قدرتمند این قبیله باید نینجا های خود را در راه و روش های قرن شانزدهم آموزش داده و از آن ها…